Vamos a lo más básico:
¿Westeros funcionaba antes de la llegada de Aegon? SÍ, perfectamente. Eran REINOS independientes, SIN NECESIDAD de un poder central, que vivían en armonía, cada uno con sus reglas, y generalmente en paz. Entonces, Aegon llegó y lo tomó porque sí, y el continente entró en una dinastía forzada que nadie le pidió. De hecho, muchísima gente murió y muchos otros perdieron su independencia por tres dragones. Solo Dorne se salvó, y miren lo felices que son en su independencia.
Luego, uno de los reyes se volvió loco y trató de matarlos a todos; Jaime salvó a la gente, los Targ perdieron su poder, y por las razones que sean (que son válidas, ya que fue una guerra), Robert tomó el Trono, sin que los Targaryen lo quisieran, y fundó su propia era Baratheon.
El Trono de Hierro es una silla simplemente. Aegon lo creó por la fuerza y Robert lo tomó por la fuerza. Si Dany lo quiere, deberá hacer lo mismo, por la fuerza, porque ya no le corresponde. Si el pueblo aceptó a Robert, luego a Joffrey, a Tommen, y ahora a Cersei (en la serie), entonces así son las cosas. Los maestres también lo aceptaron, y que yo sepa, Robert no tenía dragones para infundir miedo y quemar gente si esta se negaba a hincar la rodilla.