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Si no queréis saber el final antes de ir a ver la peli, pues no lo leáis. Yo como informador, no tengo más remedio que haceos partícipes de mis revelaciones.
Ahí va:
Neo
se encuentra en el "limbo" de Matrix, una estación de metro controlada por el Merovingio. El Orátrasero avisa a Morpheo y Trinity de esta nueva situación, así que se dirigen al cuartel del Merovingio junto con Seraph, el guardián del Orátrasero, para que éste les devuelva a Neo. De vuelta al mundo real, Niobe presta a Neo y Trinity su nave, la Logos, para que puedan ir hasta 01, la ciudad de las máquinas, y así poder salvar Sión. Lo que no saben es que Bane ha despertado también y ha conseguido entrar dentro de la Logos. 
Las defensas de Sión están a punto de perder la batalla, pero afortunadamente Niobe y Morpheo consiguen lanzar un último ataque que permite a los habitantes de la ciudad esconderse en las cuevas interiores. Desde ahí presenciarán la batalla definitiva que decidirá el destino de la humanidad.
En el viaje hasta 01 Bane ataca a Neo dejándole ciego antes de morir
, pero Trinity consigue controlar la nave a pesar de la pelea. Neo es ahora capaz de "sentir" a los centinelas, y tras forzar su entrada en 01 destruyendo a todas las máquinas que se lo intentan impedir, hacen un aterrizaje forzoso al que Trinity no logra sobrevivir 
. En ese momento Neo se dirige al líder de las máquinas para firmar una tregua entre ambos bandos para enfrentarse a un mal que los amenaza a todos: Smith. Éste se ha clonado en todos los demás programas de Matrix, y amenaza con destruirlo todo. Ayudado por las máquinas, Neo vuelve a entrar en Matrix para enfrentarse a Smith. Durante la pelea Neo se deja ganar para que Smith le infecte, pero el nuevo clon no funciona como esperaba, ya que ahora las máquinas tienen un link directo con Smith, y le destruyen. Neo muere
y Matrix es cargada de nuevo, mientras las máquinas y los seres humanos firman una tregua. 
