Creo que partiendo de la base que Athena y Hades vivían en paz sin que uno intentara dominar la tierra, estamos hablando de un contexto diferente, un Hades diferente y de un Infierno distinto. Como dije antes, si todo lleva a que ninguno es realmente el villano, es probable que este Hades sea pacífico y su Infierno no sea un lugar para torturar y castigar a los muertos, sino como un segundo hogar para las almas cuando mueren, que al ser atacado "por Athena" intentó salvarlos llevándolos a Elysium, algo que el Hades original nunca habría hecho por ningún humano ni por sus Specters, ya que el territorio de los Dioses no era para que pisara cualquiera. Hasta se me haría parecido a Bleach ese "infierno" x)
Pienso que no hay que tomar nada del manga clásico como una regla para este manga, no apunta a encajar ni a seguir los conceptos que conocemos. Seguramente sí del Cosmo, técnicas y detalles básicos de ese tipo, pero después es mucho más libre, hasta ahora parece ser el único que no ubica claramente su historia antes (EpG, LC), al mismo tiempo (Saintia) o a futuro (EpGA, EpGR) del manga de Kurumada.
Hasta la forma en que despiertan los Specters es diferente, dan a entender que Hades busca muertos con talento para que renazcan ahora, pero los Specters del manga siempre fueron seres vivos igual que cualquier Saint, en los que las almas de los Specter toman posesión y despiertan en ellos. Así que por ahora no le buscaría una explicación a que estén esas almas así, es probable que todo el Infierno sea así en esta historia, aunque estaría bueno que detallaran esas cosas si el manga se extiende lo suficiente (o sea, si las ventas acompañan).