De lo poco que entiendo sobre mitología griega, se me hace que estos dioses son más de encapricharse que de enamorarse de los humanos. Quizás porque los ven inferiores (que sería lo típico) y por ello se consideraría "prohibido" ese tipo de sentimiento.
Depende del dios y del humano. Por ejemplo, hay muchos mitos en los que Zeus tiene sexo con humanos y nada más, pero hay muchas instancias de dioses que genuinamente sienten amor por los humanos y establecen relaciones románticas con ellos, como Selene y Endimión, Apolo y Jacinto, Apolo y Cipariso, hasta Artemisa tuvo su romance humano con Orión... el mismo Zeus se enamoró tanto de Ganímedes que lo llevó al Olimpo a vivir con él sin importar lo que pensara su esposa, lo hizo su copero, y cuando Ganímedes murió lo transformó en la constelación de Acuario.
Pero es claro que en Saint Seiya la cosa no funciona así para nada, los dioses no sienten "amor", eso es de humanos. La única que siente amor es Athena, probablemente porque ella se encarna como humana.
Concuerdo contigo 100% que pese a que no se dice explícitamente en el manga, todo da a entender que Saori está enamorada de Seiya y viceversa. Los sacrificios de Seiya por salvar a Saori se pueden justificar por su deber de santo, pero todo lo que está haciendo Saori en Next Dimension, poniendo en peligro el universo entero solamente por salvar la vida de uno de sus 88 santos, no tiene justificación sencilla aparte de un favoritismo desmedido... que en mi opinión implica enamoramiento y amor.
A mi me agrada la idea, tiene sentido, humaniza a los personajes, desarrolla a Saori, encaja con el tema de la historia en general, y nos ha dado momentos memorables, como los créditos de la película de Abel, que creo que es la única ocasión donde explícitamente muestran contacto romántico entre Seiya y Saori.