Darkseid, más que enemigo de Superman o la gente de New Genesis, es justamente el némesis de la Justice League. En los primeros días de la publicación los miembros de la JL se unieron para enfrentar a Starro (una estrella de mar alien gigante que poca relevancia tuvo aparte de eso), pero en tiempos modernos, en las distintas series animadas, live action o comics desde New 52, Darkseid es el enemigo estrella, el Thanos de DC, el gran Big Boss, así que lo encuentro una buena idea meterlo. O más aún, NECESARIO, esperable.
Ahora, ¿qué otros podrían ser? Superman tiene a Luthor, Metallo, Bizarro, Zod, Doomsday, como los más relevantes.
El Murciélago tiene un montón, que ya han sido bastante vistos en películas anteriores (Joker, Penguin, Riddler, Catwoman, Bane, Ra's -aunque a este no lo van a usar, por el tema de Arrow-, Two-Face, Freeze, Scarecrow), otros que sabemos que se usarán (Croc, Harley) y otros que podrían utilizarse (Clayface, Dollmaker, Man-Bat, Dr. Pig, Mad-Hatter, GRUNDY). Tiene mucho de donde sacar.
Flash tiene una serie de enemigos, los Rogues, pero a ver con qué salen, porque la gran mayoría de ellos están en la serie del otro universo, y creo que de los relevantes los únicos que no han usado son Mirror Master y... eso. Dudo que utilicen a uno más allá de la peli en solitario de Ezra Miller.
Diana tiene varios, incluyendo a todo el panteón griego (Ares, Poseidón, Hades, Circe, Artemisa, Apollo, Medusa), además de gente como Giganta o Cheeta. Ares sería un gran enemigo para toda la JL.
Aquaman tiene a Ocean Master y Black Manta como los más relevantes, y probablemente los veamos en su película, pues casi siempre tienen alguna relación. (Ocean es su medio hermano, y Manta es algo así como un general de Atlantis). De hecho en la segunda peli animada del nuevo universo, Throne of Atlantis, el enemigo para la Liga fue justamente Ocean Master.
De Linterna hay cientos que podrían usarse como villanos de toda la Liga, los más relevantes siendo los Sinestro Corps liderados por un ex- GL, alimentados por el miedo; pero los Red Lanters de la ira no se quedan atrás.
Luego tenemos a Black Adam, pero él ya va a salir en la peli de Shazam, y supongo que ahí acabará.
De ahí en más, un gran enemigo podría ser el demonio Trigon, a quien acaban de usar en la peli que salió la semana pasada de JL vs TT, pero justamente el está demasiado reconocido como nemesis de los Titanes, así que creo que estará reservado para alguna serie o peli donde aparezcan Starfire, Raven, Donna, Nightwing u otros.
Así que por ahora creo que la mejor opción (y la principal, en todo caso) es justamente Darkseid. Después de eso, en alguna peli futura, la mejor opción sería la típica "anti-JL", o "Legion of Doom", o el nombre que le pongan. Ya sabes, los villanos característicos de cada miembro de la Liga, unidos para terminar con ellos, como por ej, Lex, Bane, Giganta, Sinestro, Manta, Adam, Mirror Master, y algun villano de los Titanes como Blood (aunque ya salió en Arrow).
O por último la clásica "contraparte maligna de un universo alternativo". O sea, un Ultraman, Owlman, Superwoman, etc.