Bueno compa, es como bien te lo indica el amigo lucas_reymakina, lo que ocurre es que tu Mugen está preparado para funcionar con escenarios Hi-Resolution, y al meterle escenarios Low-Resolution, el Mugen "obliga" a ese escenario a "agrandarse" los pixeles que le falten para así conseguir la resolución requerida. Así, por ejemplo, si tienes un Mugen que trabaja a 640x480 pixeles, y le metes un escenario que abarca solo 320x240, lo más seguro es que aparezca como un recatángulo que te ocupe sólo 3/4 de tu pantalla.
Tienes dos opciones: o te bajas un Mugen que trabaje a resoluciones más bajas, o consigues escenarios de resoluciones altas.
También puedes agrandar tú mismo los escenarios que tienes (cosa que yo te desaconsejo).
Espero te haya servido.
Saludos.
PD: Bienvenido al foro!!!